Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Sejarah FKIP UNS berdiri pada tahun 2018 berdasarkan Surat Keputusan Nomor 988/KPT/I/2018. Pendirian Prodi S3 Pendidikan Sejarah sejalan dengan arah dan dasar yang sesuai dengan visi, misi, tujuan, dan pengembangan keilmuan di bidang pendidikan sejarah. Berdasarkan kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) yang menjadi acuan Dikti melalui Permenristekdikti Nomor 044 tahun 2015 tentang Standar Nasional Perguruan Tinggi, lulusan  Prodi S3 Pendidikan Sejarah diharapkan memiliki pengetahuan, ketrampilan, dan sikap pada kualifikasi akademik pada level 9 (sembilan). Capaian pembelajaran pada level tersebut adalah mampu melakukan pendalaman dan perluasan IPTEKS melalui riset multi-transdisiplin.nPada aspek penguasaan pengetahuan, lulusan Prodi S3 Pendidikan Sejarah diharapkan mampu menguasai filosofi keilmuwan pengetahuan dan keterampilan dalam bidang pendidikan dan pembelajaran sejarah. Kerangka acuan penting yang lain adalah kewajiban lulusan Prodi S3 Pendidikan Sejarah UNS untuk mempublikasikan karya ilmiah dan disertasi ke jurnal internasional bereputasi dan terindeks.

Dalam rangka memenuhi tuntutan tersebut, Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Sejarah FKIP UNS berupaya mewujudkan capaian pembelajaran lulusan melalui kurikulum sesuai visi dan misi yang ditetapkan sejalan dengan visi misi FKIP dan Universitas Sebelas Maret.